眼药水开封后，相当于保存环境发生了改变，药效会逐渐减弱。在使用和保存过程中，药液还可能被空气中的微生物污染，带来安全隐患。如果使用方法不当，滴眼药水时滴头接触到了角膜，引起眼部。
为了尽可能延长寿命，市面上多数眼药水添加了抑菌剂(防腐剂)。但抑菌剂本身也会对眼部带来影响，因此都处于较为安全的浓度，代价是对眼药水寿命的延长作用有限。国内目前通常建议，眼药水开封后4周内使用较为安全。国外则正在逐步转轨，推广一次性眼药水以解决此矛盾。
对不常使用眼药水的人来说，如果4周就丢弃显得很浪费。建议这类人群选小支、不含防腐剂的眼药水。小支装（0.4毫升等规格）的眼药水多不含防腐剂，但价格稍高，一支最多滴4次。
此外，因为小支装没有瓶盖，开封后直接暴露在空气中，必须几个小时内滴完。用这种眼药水时要注意保持清洁，别让瓶口受到污染。如果周边的卫生条件差，空气粉尘多，不建议用这类产品。
眼药水一般放在室温下即可，特别提示需要冷藏的，应根据说明书处理。滴眼药水前要先洗手，以免引发感染。眼药水应滴在下眼皮和眼球之间的结膜囊内，瓶口不宜接触眼睛，每次一到两滴即可。滴完眼药水后闭眼，按压下眼角1~2分钟，能预防药液进入鼻腔和口腔，出现口苦和其他全身症状。